Le principal objectif de la Citadelle est de sensibiliser les gens (voir dossier sur le muséum de Besançon). Pour cela, ils ont mis en uvre un parcours pédagogique original. Dans le zoo, par exemple, pour chaque espèce, un panneau la présente en une fiche d'identité avec ses habitudes alimentaires, ses particularités, son pays d'origine et si elle est menacée ou non .La Citadelle possède quelques espèces en voie d'extinction et fait tout pour les faire se reproduire. Chaque exposition du muséum doit apprendre à voir, à raisonner, à construire. En impliquant la modernité et les problèmes du monde actuel, ils veulent impliquer les visiteurs pour en faire des citoyens responsables.
La Citadelle s'est agrandie au fil des ans pour présenter à présent toutes ces parties :
- 3 musées :
- le Musée de la Résistance et de la Déportation (1969)
- le Musée Comtois (1960)
- le Muséum de Besançon :
- Parcours de l'Evolution (1959)
- Aquarium (1975)
- Noctarium (1997)
- Climatorium (2001)
- Insectarium (1992)
- Un Parc Zoologique (1959):
- le secteur des primates
- le secteur des oiseaux
- le secteur des fauves
- la petite ferme
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