Caractérisation moléculaire des ressources du CIRM - CFBP pour le genre Streptomyces et mise au point de PCR de détection pour le genre Streptomyces et le complexe Pseudomonas syringae

Caractérisation moléculaire des ressources du CIRM - CFBP pour le genre Streptomyces et mise au point de PCR de détection pour le genre Streptomyces et le complexe Pseudomonas syringae

Résumé du document

L'Institut National de Recherche Agronomique (INRA) est un organisme menant des recherches finalisées pour une alimentation saine, une agriculture durable et pour un environnement préservé et valorisé. Pour répondre à ces 2 derniers objectifs, l'Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) propose une approche transdiciplinaire pour étudier les problématiques autour de la qualité et de la santé des produits végétaux, à travers plusieurs thématiques spécifiques. L'une d'elles concerne les travaux de l'équipe EmerSys en ce qui concerne l'amélioration des connaissances par rapport aux bactéries phyto-pathogènes. Pour que cet objectif soit rendu possible, un travail préalable de conservation/préservation, mise à disposition et caractérisation moléculaire des bactéries est réalisé par la Collection Française des Bactéries associées aux Plantes (CFBP). Elle comporte plus de 7 000 souches, réparties sur 65 genres bactériens différents couvrant l'ensemble de la diversité connue des bactéries phyto-pathogènes de plantes.

Sommaire

  1. Introduction
    1. Contexte et environnement
    2. Présentation du sujet de stage
  2. Matériel et méthodes
    1. Les souches étudiées
    2. Obtention d'une suspension bactérienne
    3. Technique PCR
    4. Visualisation par électrophorèse sur gel d'agarose/BET
    5. Envoi au séquençage
    6. Réception et analyse des séquences
  3. Analyse des résultats
    1. Obtention des séquences 16S
    2. Mise au point de la PCR de détection genre Streptomyces
    3. Mise au point de la PCR de détection phylogroupes Pseudomonas syringae
  4. Discussions
    1. Problèmes rencontrés
    2. Qualité des résultats
  5. Conclusion
    1. Degré de réalisation des objectifs
    2. Perspectives

Informations sur ce rapport de stage

  • Nombre de pages : 27 pages
  • Publié le : 05/09/2017
  • Langue : français
  • Consulté : 2 fois
  • Format : .doc

Extraits

[...] Caractérisation moléculaire des ressources du CIRM - CFBP pour le genre Streptomyces et mise au point de PCR de détection pour le genre Streptomyces et le complexe Pseudomonas syringae Organisme de formation: Faculté des sciences d'Angers Organisme d'accueil: INRA - IRHS Rapport de stage 2ème année de Licence Sciences de la Vie et de la Terre Parcours Biologie Cellulaire, Moléculaire et Physiologie (BCMP) Année universitaire 2016 - 2017 Caractérisation moléculaire des ressources du CIRM- CFBP pour le genre Streptomyces. Mise au point de PCR de détection pour le genre Streptomyces et le complexe Pseudomonas syringae Auteur : N. D. Tuteurs : G. T. et P. P. Remerciements A travers la rédaction de ce rapport, je tiens dans un premier temps à remercier Mme XXXXXXXX et M. [...]


[...] Les Streptomyces n'infestent que les tubercules non récoltés et cessent d'évoluer dès que ces derniers sont sortis de terre. La gale commune se retrouve sous deux formes : - La gale en pustule (cf. figure dont les lésions se retrouvent jusqu'au cœur de la chair, - La gale en liège, dont les lésions sont plus superficielles, mais qui peuvent toucher aussi les tiges, ce qui entraine une perte de rendement. Figure 2 : Symptômes de la gale en pustule de la pomme de terre 2. [...]


[...] Pour ce faire, notre travail doit valider : - La détection de toutes les souches du genre Streptomyces que nous avons confirmé par une séquence 16S correspondante - L'absence de détection de souches qui n'appartiennent pas au genre Streptomyces 12. PCR de détection par couple d'amorces Conformément au protocole proposé par Saadoun and Gharaibeh en 2007, on utilise les trois couples d'amorces recommandées que l'on va tester sur les souches mises en suspension. Nous faisons les constats suivants : - Aucun couple d'amorces ne détecte seul l'ensemble des souches du lot, contrairement aux résultats affichés dans la littérature - Une grande variabilité dans la capacité de détection d'un couple d'amorces à l'autre (de 0 à le couple d'amorces AM45/AM47 donnant les meilleurs résultats. [...]


[...] C'est une méthode d'extraction de l'ADN qui se réalise à partir de culture sur milieu spécifique en boîte de Pétri. Protocole à partir de 100 µl de suspension mélangée avec 100 µl de solution fraîche NaOH 1N : - Le mélange est mis en incubation à 60 C pendant 15 à 20 minutes en mélangeant régulièrement, puis 5 µl en sont prélevés et transférés dans 100 µl de tampon Tris-HCL à 40 mM. - Le mélange final est ensuite placé dans un puits de la plaque de suspension Technique PCR 8. [...]


[...] S'agissant d'organismes nuisibles, sans traitement curatif connu, qui ont une importance pour l'économie de la zone sans pour autant être présents ou largement disséminés, ces pathogènes font l'objet d'une surveillance particulière et de projets de recherche agronomiques dans le but de mieux comprendre les mécanismes d'infection et d'en limiter les impacts. Figure 3 : Coloration Gram – sur Pseudomonas aeruginosa (milieu King Figure 4 : Symptômes de moucheture de la tomate (Ps syringae pv tomato) Matériel et méthodes 1 Les souches étudiées : Le lot de bactéries étudiées comprend les 54 souches du genre Streptomyces (cf. annexe et sur un échantillon de 68 souches du complexe Pseudomonas Syringae (cf. annexe 2). [...]

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